2005年2月，經國務院學位辦批準，大連海事大學成為工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）和法律碩士（J.M）三個專業學位碩士研究生培養單位。2005年3月，學校分別成立了以上三個專業學位教育中心。進入2006年，為進一步整合學校教育資源，強化對專業學位教育的管理，促進教育培養工作的開展，打造國內一流的MBA、MPA和J.M品牌，學校研究決定成立專業碩士學位教育中心， 后更名為專業學位教育學院。2011年，法律碩士教育中心由專業學位教育學院調整至法學院；同年3月，交通運輸部管理干部學院和大連海事大學合作共建北京研究院，掛靠專業學位教育學院。專業學位教育學院是大連海事大學的二級教學單位，全面負責交通運輸行業高層次人才的專業學位研究生教育和培養工作，是我校培養交通運輸領域高級管理人才的重要基地與窗口。學院設招生與市場開拓部、培養與學位管理部及辦公室三個部門，全面負責大連海事大學MBA、MPA教育的招生、培養、學生管理工作。學院獨特的辦學模式受到全國MPA教育指導委員會高度評價：“大連海事大學成立的專業學位教育學院，辦學體制獨特，發揮了科學管理的優勢，有效地整合了學校優勢學科與師資資源”。

　　專業學位教育學院充分發揮百年海大的深厚底蘊，深入發掘師資優勢、學術資源和科研成果，積極整合校內、外部資源，為交通運輸行業高層次人才再學習、再深造提供良好機會；為行業內相關單位與學校科研技術合作搭建廣闊平臺。

　　大連海事大學工商管理碩士（MBA）專業學位教育是以“鮮明的港航、交通、物流特色培養基地”為定位，適應國際化經營和我國工商企事業發展需要，特別是港航企事業發展需要的特色教育。學院以現代經濟理論和管理理論為基礎，立足社會經濟變化和行業發展需要，將課程學習和管理實踐相結合，根據企業人才培養戰略的布局進行合理規劃，培養掌握市場經濟的一般規律，具有國際視野、創新思維和開拓精神以及良好職業道德的高素質復合型管理人才。

　　大連海事大學公共管理碩士（MPA）專業學位教育始終堅持行業發展特色，以滿足交通行業發展對高級管理人才的實際需求為辦學方向，秉承“建立科學完善的課程體系；運用提升能力的教育方法；堅持中國特色的價值取向；貫徹立足實踐的培養宗旨”的教育理念，以“培養一流的公共管理人才，推進交通運輸管理的現代化”為目標，與交通、海事、港航系統的相關單位展開密切合作，為交通運輸管理部門培養高層次、復合型、應用型人才。

　　專業學位教育學院辦學目標明確、起點較高。學院集中了學校優勢學科的優秀師資同時，還聘請了百余名優秀企業家、政府官員和專業學位教育專家作為客座教授和實踐導師；學院擁有廣東海事局、福建海事局、天津海事局、天津港等十余個交通運輸行業的社會實踐基地；學院的管理團隊全部是博士、碩士研究生畢業。新的歷史時期，專業學位教育學院將全面貫徹落實國家、省部、學校關于專業學位教育的各項方針、政策與相關規定，以提高辦學質量為核心，以創新管理為驅動，推動MBA、MPA專業學位向品牌化、規范化、特色化、現代化、國際化方向發展，努力打造專業學位教育品牌，為國家和交通運輸行業培養出越來越多的高層次、復合型、應用型人才。