吉林大學在東北亞研究方面具有較長的歷史。1964年，經國務院批準，吉林大學成立了日本問題研究室和朝鮮問題研究室。20世紀70年代以來，吉林大學先后成立了日本研究所、朝鮮研究所（后更名為：朝鮮韓國研究所）、蘇聯研究所（后更名為：俄羅斯研究所）、人口研究所、區域經濟研究所、圖們江地區開發研究所，對東北亞地區的日本、朝鮮、韓國、俄羅斯、蒙古開展研究。

1994年4月，吉林大學將日本研究所、朝鮮韓國研究所、俄羅斯研究所、人口研究所、圖們江國際開發研究所、區域經濟研究所合并，成立了東北亞研究院。

1997年，東北亞研究院入選國家“211工程”重點建設學科建設項目，順利完成“東北亞區域政治、經濟、歷史與社會發展研究”一期、二期、三期項目建設。

1999年l0月，以東北亞研究院為依托，聘任了校內外從事世界經濟、國際政治、東北亞歷史等方面的研究人員，成立了吉林大學東北亞研究中心。1999年12月，吉林大學東北亞研究中心經國家教育部批準，成為首批十五家普通高等學校人文社會科學重點研究基地之一。

2005年，東北亞研究院入選“985工程”“二期”哲學社會科學創新基地，成立了“東北亞研究與東北振興哲學社會科學創新基地”，2010年改稱為“東北亞區域合作與長吉圖發展戰略創新基地”，同時成立“中國人口老齡化研究創新基地”。

2011年6月，吉林大學以東北亞研究院為依托成立“東北亞區域研究協同創新中心”，通過國內外研究單位在人才、學科、科研方面的優勢互補、協同合作，提升對東北亞間重大問題研究、人才培養、學科發展的綜合創新能力。

2021年3月23日，吉林大學黨委常委會批準成立東北亞學院，是進一步提升吉林大學東北亞研究和人才培養方面優勢地位的關鍵之舉。

學院致力于推動各種形式的國際交流與合作，目前已與美國、日本、朝鮮、韓國、俄羅斯、蒙古等國家的大學和研究機構簽訂了交流協議，通過互派學者和留學生、開展共同研究、交換資料，共同組織召開國際學術會議等形式，促進東北亞問題的研究。

經過多年的發展，圍繞東北亞地區重大理論問題和現實問題，充分發揮對東北亞區域經濟、政治、歷史與社會發展領域多學科綜合研究的優勢，服務于國家重大戰略需求和社會經濟發展需求，學院逐步成長為以國際問題研究為主、多學科交叉、在國內外有較大影響力的專職研究機構。

學院現有教職工83人，專職科研人員61人，其中教授32人(含博士生導師27人)，副教授21人，講師8人；有“哲學社會科學資深教授”1 人，國務院學位委員會學科評議組成員1人，教育部社會科學委員會委員1人，教育部跨世紀人才1人，吉林省省管專家4人，吉林省拔尖創新人才3人，吉林省有突出貢獻的中青年專業技術人才2人，吉林大學“匡亞明特聘教授”2人，吉林大學“匡亞明講座教授”3人。目前已經形成了結構合理、實力雄厚的研究梯隊和教師隊伍。

學院現有世界經濟、區域經濟學、人口——資源與環境經濟學、人口學、國際政治、世界史等六個碩士和博士學位授權點，共培養博士研究生621人，碩士研究生 1148人，留學生120人。目前在校的博士研究生282人，碩士研究生226人，留學生31人。2004年開始，受教育部委托，東北亞研究院的世界經濟專業招收和培養韓國碩士、博士研究生。在學期間，用韓國語和漢語雙語授課，學生們用韓國語撰寫論文和答辯。

新世紀以來，獲國家社會科學基金重大招標項目2項、國家社科基金項目14項、國家自然科學基金項目1項、教育部重大攻關項目1項、教育部其他項目38項、吉林省社會科學基金項目33項、其他部委及橫向課題110項，獲省部級獎41項，出版學術著作128部、在國內外刊物上公開發表論文1590篇，提交并被采納研究報告205篇，充分發揮了為國家決策部門提供咨詢意見、服務于地方經濟建設的作用。