河海大學農業科學與工程學院前身為1952年開設的水利土壤改良課程，1958年改名為農田水利系，1965年改名為農田水利工程系，1995年與水力發電工程系、水利科學研究所共同組建水利水電工程學院，1997年改名為農業水利工程系（隸屬水利水電工程學院），2003年農業水利工程系從水利水電工程學院分離，成立校直屬現代農業工程系，2007年成立農業工程學院，2009年與水利水電工程學院共同組建水利水電學院。2018年2月根據國家需求和學校學科發展定位，以農業水利工程系為主體重新組建農業工程學院，2019年底更名為農業科學與工程學院。

學院現有專任教師65人，其中教授18人，副教授33人，45歲以下中青年教師具有博士學位和海外留學經歷的比例均達到92%以上。有雙聘院士1人、江蘇省“333高層次人才計劃”3人、江蘇省“青藍工程”5人、一級學會副理事長成員2人、兼職教師15人。

學院設有農業水利工程和土地整治工程兩個本科專業。農業水利工程專業是具有近70年辦學歷史的傳統優勢專業，是江蘇省重點專業、特色專業，2019年入選了首批國家一流本科專業。通過了國際工程教育專業認證，畢業生在《華盛頓協議》成員國（地區）申請工程師執業資格或申請研究生學位時，享有與當地畢業生同等的待遇。土地整治工程專業為2020年經教育部批準設立的新專業，旨在培養國土資源與土地整治領域國家戰略急需的高層次、復合型專業人才。

學院具有博士、碩士（學術型與專業型）、本科和繼續教育的完整人才培養體系。現有1個省級重點一級學科（農業工程），擁有農業工程一級學科博士和碩士學位授予權，包括農業水土工程、農業生物環境與能源工程、農業水土資源保護（自設）3個學科方向。擁有土木水利（農田水土工程）專業博士、碩士學位授予權、資源與環境專業博士學位授予權和2個學士學位授予權（農業水利工程、土地整治工程），設有農業工程博士后流動站。此外，學院農業資源與環境學科是目前我校設置的唯一農學門類學科，具有一級學科碩士學位授予權。

學院培養的畢業生具有扎實的理論基礎和實踐能力，人才培養質量高，畢業生深受用人單位的好評。自開辦以來，先后為國家培養了5000多名畢業生。他們中間涌現出一大批成就卓越的治國棟梁、學術大師、行業精英，其中包括中國工程院院士3名、國家級設計大師2名、國家杰出青年基金獲得者2名、廳局級以上領導百余名，以及一大批相關領域的部門領導和技術骨干。學院還為新疆、西藏等少數民族地區培養了專業骨干人才450余名，為亞洲、非洲等多個發展中國家培養留學生200余名。近年來，本科生升學率保持在45%以上，本科與研究生就業率保持在95%以上。

學院擁有水利部投資興建的江寧節水園省部級科研基地，與江蘇省水利廳共建省灌溉試驗中心站野外基地，以及水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室、水資源高效利用與工程安全國家工程研究中心、水安全與水科學協同創新中心、沿海開發與保護協同創新中心4個國家和省部級依托平臺。此外，在江蘇、浙江、安徽、江西等省份建有8個合作的野外試驗研究基地。

近5年來，本學科圍繞國家重大戰略需求以及解決經濟社會和行業領域的實際問題，緊密結合農業水利工程領域的工程實際，按照“入主流、有特色”的發展思路，開展了前沿科學問題和重大工程問題的深入研究，承擔了一系列國家級和省部級科研項目，新增合同經費8842萬元，獲國家重點研發計劃課題項目2項，國家自然科學項目32項，江蘇省省科技支撐計劃項目3項，江蘇省水利科技項目21項。發表國內外高水平學術期刊論文340篇，其中SCI檢索論文220篇，出版專著3部，授權發明專利90項。獲得包括國家科技獎進步獎一等獎、江蘇省科技進步獎一等獎、大禹水利科學技術獎一等獎在內的省部級及以上獎勵17項。

學院十分注重國際交流與合作，并長期為發展中國家培養農業工程人才，留學研究生的招生規模位居國內前列。自改革開放以來，已為亞洲、非洲、中美洲20多個國家和地區培養了數百名博士、碩士研究生，畢業的留學生已在埃塞俄比亞、加納、尼日爾等多個國家擔任政府官員和重大項目技術負責人。通過傳授本學科先進的灌排理論與技術，促進了先進灌排技術在留學生所在國的傳播，為提高當地灌排工程水平、解決糧食短缺問題作出了重要貢獻，增強了本學科的國際知名度和影響力。

學院堅持把理想信念教育、價值引領與專業教育相融合，培養具有堅定理想信念、扎實理論基礎、較強實踐能力的專業人才；堅持把思想政治教育貫穿教育教學全過程，堅持育人導向，突出價值引領，傾情打造信仰公開課——新思想公開課、農情大講堂、水利史·水文化講座、勞動實踐教育——河海豐收節等特色教育活動，幫助學生了解涉農學科發展動態，培養三農情懷和創新實踐精神；深化校企合作，建立實習實踐基地，強化社會實踐成效；通過多種形式的志愿服務、文體活動全方位提升學生的綜合素質。